Votre thèse doit comporter au moins une table des matières. Si vous avez des figures, illustrations, tableaux, vous pouvez être amené à gérer une ou plusieurs tables supplémentaires. Pour que votre table des matières soit parfaitement claire, la hiérarchie du document doit être pensée en amont. Elle permet de naviguer facilement dans vos travaux et de repérer immédiatement les parties souhaitées.
Ce paramètrage est pris en charge dans toutes les classes LaTeX. Tous les titres, intermédiaires ou non, doivent être définis au bon niveau hiérarchique. S'il est possible de reproduire l'effet d'un titre avec les commandes de mise en page, cela est fortement déconseillé, en effet, dans ce cas, LaTeX ne prendra pas votre titre en compte dans la gestion du sectionnement, de la mise en page, ni dans la table des matières.
On utilise la commande \tableofcontents à l'endroit où l'on veut insérer la table des matières. Le sommaire ne dépasse généralement pas une page et ne reprend que les titres de partie et de chapitre. Il se place en début de thèse.
\tableofcontents
Il est possible d'ajuster la profondeur de la table des matières avec l'option tocdepth de setcounter dans le préambule.
\setcounter{tocdepth}{n}
Le nombre n correspond à 0 pour les chapitres, 1 pour les sections, 2 pour les sous-sections, 3 pour les sous-sous-sections, 4 pour les paragraphes, 5 pour les sous-paragraphes. La table des matières reprend l'ensemble des titres déclarés dans votre document, mais ne prend pas en compte les titres non-numérotés. Il convient donc, si on veut les faire figurer dans la table des matières, de les ajouter manuellement.
\part*{Introduction}
\addcontentsline{toc}{chapter}{Introduction}
Cette commande demande d'ajouter dans la table des matières une ligne nommée "Introduction" au niveau chapitre.
Vous pouvez faire une table des figures, qui listera l'ensemble des éléments inclus dans un environnement figure.
\listoffigures
Si vous avez utilisé caption pour faire des légendes, c'est le contenu de celles-ci qui apparaîtra dans les entrées de la table. Il est possible de spécifier des titres de figures simplifiés pour alléger la table.
Exemple :
\begin{figure}
\includegraphics[scale=0.7]{image.png}
\caption[légende simplifiée]{légende complète}
\end{figure}
Il existe une commande spécifique pour faire une liste des tableaux : \listoftables reprend tous les éléments des environnements tabular.
De la même manière que pour les figures, il prendra en compte le contenu de \caption, avec la même possibilité d'introduire des titres de tableaux simplifiés pour la table.
Si vous voulez paramétrer tout cela de façon encore plus fine, vous pouvez introduire avec le package minitoc des sommaires partiels par chapitres. La profondeur du sommaire partiel est donnée avec l'option minitocdepth de setcounter. Il faut ajouter la commande \dominitoc avant d'appeller \tableofcontents et placer la commande \minitoc à l'endroit ou vous souhaitez voir apparaître le sommaire partiel.
Exemple :
%% préambule
\documentclass[12pt,a4paper]{report}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{minitoc}
\setcounter{secnumdepth}{3}
\setcounter{tocdepth}{1}
\setcounter{minitocdepth}{3}
%% corps du document
\begin{document}
\dominitoc
\tableofcontents
\chapter{Méthodologie}
\minitoc
\section{Généralités}
\section{Matériel et méthodes}
\subsection{Données}
\subsubsection{Traitement}
\subsection{Évaluation}
\chapter{Résultats}
\minitoc
\section{Articles}
\end{document}
Ici \setcounter{secnumdepth}{3} indique qu'il faut numéroter les titres jusqu'au niveau sous-sous-section.
