Ecrire une thèse avec LaTeX

Toute thèse se doit de produire une bibliographie qui soit non seulement la plus complète possible, mais aussi claire et bien organisée. LaTeX permet cela, grâce à des outils spécifiques.

• Vous devez enregistrer vos références dans une base interrogeable et modifiable à volonté qui prendra la forme de fichiers au format BibTeX.
• Vous pouvez ensuite citer aisément et sans erreur vos références grâce à des commandes définies dans le package biblatex.
• Vous pouvez alors générer l'affichage de votre bibliographie et la personnaliser de façon avancée, de manière à respecter les normes en vigueur dans votre discipline (formats de tri, organisation chronologique, alphabétique, thématique, définition des informations que vous voulez voir apparaître).

Pour obtenir des fichiers utilisables avec LaTeX et biblatex, il faut créer des fichiers bibliographiques au format BibTeX.

Ces fichiers contiennent vos références bibliographiques, encodées avec les informations suivantes :

• une clé de citation unique, qui sert à appeler les citations dans le fil du texte et à identifier les références à faire figurer dans la bibliographie finale ;
• la définition du type de document qu'est votre référence bibliographique (un livre, un article de revue, un article extrait d'actes de colloques, une thèse ou un mémoire non publiés, un rapport, un blog, etc.) ;
• les informations d'identifications bibliographiques plus ou moins précises qui permettront au lecteur d'identifier la référence (titre, auteur, date, DOI, etc.).

Exemple :

@article{matsumoto_tracking_2013,
    title = {Tracking beaked whales with a passive acoustic profiler float},
    volume = {133},
    issn = {00014966},
    doi = {10.1121/1.4773260},
    pages = {731},
    number = {2},
    journaltitle = {The Journal of the Acoustical Society of America},
    author = {Matsumoto, Haru and Jones, Christopher and Klinck, Holger and Mellinger, David K. and Dziak, Robert P. and Meinig, Christian},
    date = {2013},
    langid = {english},
}

Bon à savoir :

L'utilisation d'un gestionnaire de références bibliographiques, comme Zotero, facilite cette étape en permettant d'exporter les références qu'il contient dans un fichier .bib où toutes ces informations seront codées de la bonne manière (la clé de citation étant attribuée automatiquement par Zotero au moment de l'export du fichier). L'extension Better BibTeX améliore le fonctionnement de Zotero lorsqu'il est utilisé avec LaTeX.

La première chose à faire est de configurer biblatex dans le préambule. Il vous faut :

• appeler le package biblatex ;
• définir un moteur de compilation bibliographique (avec biblatex, choisir biber) ;
• choisir une méthode de tri (numérique, alphabétique, par années, par titres, par noms d'auteurs) ;
• si vous utilisez des styles personnalisés, un style de citation (.cbx) et un style de bibliographie (.bbx) que vous placerez dans votre répertoire de travail.

Une fois que vous avez défini les options générales de la bibliographie, il faut indiquer à LaTeX quels fichiers bibliographiques (.bib) vous allez utiliser. Pour cela, il faut utiliser la commande \addbibresource dans le préambule.

%% préambule
\usepackage[
   backend=biber,        % compilateur par défaut pour biblatex
   sorting=nyt,          % trier par nom, année, titre
   citestyle=authoryear, % style de citation auteur-année
   bibstyle=alphabetic,  % style de bibliographie alphabétique
]{biblatex}
\addbibresource{mon-fichier-biblio.bib}
%% corps du document

Une fois le préambule configuré, on peut insérer ses citations au fil de la rédaction du texte. Les commandes se font sur le modèle suivant :

\cite{clé}

ou

\cite[texte antérieur][texte postérieur]{clé}

Si l'on appelle une seule option avant la clé de citation, cela sera considérée comme du texte postérieur. Si on souhaite faire figurer des éléments avant la citation, mais pas après, il faut utiliser une option vide en deuxième position.

La commande \cite a plusieurs variantes :

• \parencite pour avoir une citation encadrée de parenthèses dans le texte, par exemple avec le style authoryear ;
• \footcite pour avoir des citations en notes de bas de page, par exemple avec le style authoryear-ibid ;
• \supercite s'emploie avec le style numeric, pour faire figurer le numéro d'appel de la citation en exposant.

Biblatex gère les citations multiples. Pour les utiliser, c'est tout simple :

\cite{clé1,clé2,clé3}

Pour bénéficier des textes avant et après les citations, la syntaxe est un peu plus complexe :

\cites[texte antérieur global][texte postérieur global][texte antérieur 1][texte postérieur1]{clé1}[texte antérieur2][texte postérieur2]{clé2}

Tout cela est compatible avec les variantes \parencite, \footcite, \supercite.

Exemple :

\cite[Voir les développements du 3e chapitre, dans][p. 114 sq.]{HJM2000}

Cela produira la phrase suivante : "Voir les développements du 3e chapitre, dans Henri-Jean Martin, La Naissance du livre moderne, Paris, Promodis, 2000, p. 114 sq."

Il est également possible de déclarer ces options dans le préambule, et d'utiliser la commande \autocite pour appeler les citations dans le texte. Les citations appelées dans le texte auront toutes le même format.

• Dans le préambule :

\usepackage[
   backend=biber,
   sorting=nyt,
   format=plain]
]{biblatex}

L'option format permet de définir la forme que prendront les citations : plain génèrera \cite, inline génèrera \parencite, footnote génèrera \footnotecite, superscript génèrera \supercite. Cette option du package est utile dans les cas où vous souhaitez pouvoir modifier facilement le format de votre bibliographie après-coup, sans avoir à reprendre tous les appels de citation dans le texte.

• Dans le texte :

\autocite[texte antérieur][texte postérieur]{clé}.

Pour insérer sa bibliographie à la fin du texte, il suffit d'appeler la commande \printbibliography à l'endroit voulu. Cette commande autorise plusieurs options (à appeler entre crochets à la suite de la commande), dont les plus utiles sont :

• title=<nom> redéfinit le titre de la bibliographie ;
• type=<type d’entrée> n’imprime qu’un certain type d’entrées (ex : seulement les thèses, seulement les articles,...) ;
• nottype=<type d’entrée> permet d’ignorer certains types d’entrées (ex : ignorer les rapports) ;
• keyword=<mot-clé> n’imprime que les entrées identifiées par certains mots-clés ;
• prefixnumbers=<chaîne> utile pour subdiviser les bibliographies numériques (ex. série A1, A2, A3 où <chaîne> est A, suivie d’une série B1, B2, B3 où <chaîne> est B, etc.).

Par défaut, biblatex affichera les références appelées dans le corps du texte par des commandes \cite (et leurs variantes). La commande \nocite permet de le forcer à afficher une référence qui n'a pas été citée dans le corps du texte (par exemple, un dictionnaire). La version étoilée de cette commande \nocite{*} sert à afficher l'ensemble des références contenues dans les fichiers .bib déclarés dans le préambule.

Exemple :

\printbibliography[title=Bibliographie critique]

Il est possible de personnaliser l'affichage des références bibliographiques en activant ou en désactivant certains champs dans le préambule. On peut déclarer les options suivantes en appelant le package biblatex :

• firstinits=true pour afficher tous les prénoms et noms intermédiaires sous forme d’initiales ;
• isbn | url | doi | eprint=false pour désactiver l’affichage de ces champs ;
• dashed=false pour imprimer systématiquement le nom de l’auteur, même s’il est répété (par défaut, biblatex remplace le nom de l'auteur par un tiret à partir de la deuxième occurence).

Exemple :

\usepackage[
   backend=biber,
   style=authoryear,
   sorting=nyt,
   isbn=false,
   firstinits=true]
]{biblatex}

D'autre part, au moment d'appeler la bibliographie, il est possible de lui adjoindre des commentaires avant et après la liste des références. Il faut procéder ainsi :

1. Appeler \defbibnote{nom}{texte} pour définir le contenu de ces commentaires, où nom est le nom de l'option qui sera appelée avec \printbibliography et texte le commentaire que l'on veut afficher.
2. Utiliser les options prenote et postnote avec \printbibliography.

Exemple :

\defbibnote{bibstart}{Bibliographie non exhaustive.}
\defbibnote{bibend}{Bibliographie élaborée par le groupe Zotero : https://www.zotero.org/groups/1560648}
\printbibliography[title=Bibliographie indicative, prenote=bibstart, postnote=bibend]

Dans votre document LaTeX, vous pouvez appelez votre bibliographie (ou votre sous-bibliographie) composée uniquement des références identifiées par mot-clé. L'utilisation des marqueurs dans Zotero permet d'uniformiser les mots-clés.

Subdiviser sa bibliographie par thèmes n'est pas difficile : on peut appeler autant de commandes \printbibliography que l'on souhaite, chacune assortie de l'option keyword.

Pour obtenir une bibliographie hiérarchisée, il faut utiliser le paramètre subbibliography de l'option heading pour faire apparaître le titre de la bibliographie à un niveau de titre inférieur.

Exemple :

\printbibliography[heading=subbibliography, keyword=Turcica, title=Histoire de l'empire ottoman]
\printbibliography[heading=subbibliography, keyword=Francois-Ier, title=Histoire de François I\up{er}]

On peut raffiner pour différencier bibliographie primaire et bibliographie secondaire :

\printbibliography[keyword=Sources, title=Bibliographie primaire]
\printbibliography[heading=subbibliography, keyword=Turcica, title=Histoire de l'empire ottoman]
\printbibliography[heading=subbibliography, keyword=Francois-Ier, title=Histoire de François I\up{er}]

1. Déterminez votre classement et vos subdivisions : rapports, articles de revue, monographie, textes de loi, etc.
2. Appelez une bibliographie par type de référence :

\printbibliography[title="Textes de loi et traités", type=legislation]
\printbibliography[title="Arrêts", type=jurisdiction]
\printbibliography[title="Rapports officiels", type=report]
\printbibliography[title="Monographies", type=book,collection,proceedings]
\printbibliography[title="Articles de revues", type=article]

Ici aussi, vous pouvez hiérarchiser, en utilisant le paramètre subbibliography comme pour une bibliographie subdivisée par thèmes.

Attention : il faut bien penser à inclure tous les types de documents présents dans vos bases bibliographiques, sans quoi une partie de vos références pourraient être absentes de votre bibliographie (volumes de mélanges, actes de colloques, thèses, etc.).

• En sciences de la vie et de la santé

Utilisez un style numérique (type Vancouver). Dans le texte, les références apparaîtront sous forme de renvoi numérique (entre parenthèses, entre crochets, en exposant) et à la fin, la bibliographie sera triée par ordre de citation dans le texte. Vous aurez généralement une bibliographie sans subdivisions.

• En mathématiques et en psychologie

Utilisez un style auteur-date (type American Psychological Association). En fonction des styles, les références dans le texte apparaîtront sous forme de clé de citation (style de type alphabetic) ou à un nom d'auteur associé à une date (style de type authoryear). A la fin, la bibliographie sera triée par ordre alphabétique des auteurs, et s'il y a plusieurs références d'un même auteur, par date. Vous aurez généralement une bibliographie sans subdivisions.

• En lettres et sciences humaines

Utilisez un style complet (type verbose ou Lettres et sciences humaines françaises). Citez vos références en notes de bas de page. A la fin, la bibliographie sera triée par ordre alphabétique des auteurs, puis par année, puis par titre (ou par auteur, puis par titre, puis par année en fonction de ce que vous souhaitez). Dans ces disciplines, il est recommandé de subdiviser ses bibliographies de façon thématiques. Il y aura généralement au moins une section pour les sources (bibliographie primaire) et une pour les études critiques de votre sujet (bibliographie secondaire). La bibliographie secondaire peut aussi être organisée de façon thématique.

• En droit

Utilisez un style complet (type verbose ou droit-fr). Citez vos références en notes de bas de pages. A la fin, la bibliographie sera triée par ordre alphabétique des auteurs. Dans le cas particulier du droit, il est recommandé de subdiviser la bibliographie en fonction des types de documents (lois, arrêtés, rapports, monographies, articles, etc.).